根据国家文物局最新公布名单，杭州市的申遗点段共有11个点段（包括6个遗产点、5段河道）。 
富义仓 位于京杭大运河主航道与胜利河交汇处，初建于清光绪六年（1880年），竣工于光绪十年（1884年）。它与北京的南新仓并称为“天下粮仓”，有“北有南新仓，南有富义仓”之说。民国时期，改为浙江省第三积谷仓，短时做过国民党军用仓库。解放后，杭州市粮食公司接管，作为民生仓库分库，是杭州现存唯一的一个古粮仓。现大部分仓廒保存原有格局，是研究古代仓储制度的重要实物例证。它是杭城湖墅地区历史上米市、仓储和码头装卸业等经济业态曾经发展、繁荣的实体见证，是杭州运河文化系统的有机组成部分。
凤山水城门遗址 位于中山南路与中河路交会处，东西向横跨中河。中河在历史上是沟通钱塘江与江南运河的城内运河。元至正十九年（1359年），张士诚重筑杭州城，设旱门十、水门五，凤山水城门即五水门之一。凤山水城门是杭州古代五水门中唯一尚存的一座,具有历史地标作用,是研究杭州城池变迁的坐标。杭州段运河河道线型、尺度及驳岸等因城市变迁和航运发展而改变,唯凤山水城门下近二十米的河道保留元明时期原状,十分可贵。
桥西历史街区 位于京杭大运河（杭州段）主航道西岸，拱宸桥西侧，是清朝、民国以来的沿运河古镇民居建筑保存最为完整的地带，也是京杭大运河杭州段历史遗存较为集中的区域。它反映了清末民国初地方城市建设的风貌特色及自然环境特色，保存着近代工业发展过程中的生产厂房、生产工具及航运机械，还保存了饮食、礼仪、民俗、伦理等社会文化载体。
西兴过塘行码头 位于西兴老街官河沿岸，浙东运河的端头。过塘行一般都设于水陆码头、交通要道，门面不大，一两层房屋，两三开间门面而已，主要是起到票据交换，货物中转的作用，过塘行本身并不需要类似仓储功能的建筑。数百年来，浙东地区的粮食、棉花、丝绸、盐酒和山货在西兴过塘，转运到中原各地。西兴码头、河道、永兴闸遗址、浙东运河之头、大城隍庙遗址是浙东入境首个交通枢纽的重要见证。
拱宸桥 位于杭州大关桥之北，东连丽水路、台州路，西接桥弄街，是京杭大运河到杭州的终点标志。始建于明崇祯四年（1631年），清光绪十一年（1888年）重建，中间几经兴废。拱宸桥东西向横跨京杭大运河（杭州段）主航道，为纵联分节并列法砌筑的石构三孔薄拱薄墩联拱桥，总长98米，桥面中部宽5.9米，两端桥堍宽12.2米，桥身高约16米，中孔净跨15.8米，通航能力100吨，边孔净跨11.9米。
广济桥 位于杭州市余杭塘栖镇西北，南北向横跨于京杭大运河上，是古运河上仅存的一座七孔石拱桥，也是大运河上保存至今规模最大的薄墩联拱石桥。始建于唐，明弘治二年（1489年）重建，清康熙间修缮。南北向，横跨古运河。全长78.7米，面宽5.2米，中孔跨径15.69米、矢高7.75米。其余六孔南北对称跨径分别为11.68米、8.26米、5.3米，矢高分别为5.26米、4.13米、2.7米。拱券采用纵联并列分节砌置法。南北各设踏跺80级。石栏板素面，高0.4米，两边共有望柱64根，桥顶四柱饰有莲瓣，其余为球形。拱券上刻有“弘治二年”纪年。
江南运河吴江-嘉兴-杭州段（余杭塘栖——杭州坝子桥、江浙省界——杭州市坝子桥段的杭州塘、上塘河） 江南运河，曾称江南河、浙西运河，为京杭运河的南段。北起江苏镇江，绕太湖东岸达江苏苏州，南至浙江杭州。早在春秋战国时代（公元前3世纪），因长江—钱塘江之间地势低平，河湖密集，已出现沟通河湖的运河。后经历代开凿、疏浚，江南运河初具规模。隋炀帝大业六年（610年）重新疏凿和拓宽长江以南运河古道，形成今江南运河。
杭州中河-龙山河 江南运河从杭州延伸到钱塘江的一段运河。北宋时，为使钱塘江漕船能登录杭州接通南运河，浚治了这段龙山河，并于入钱塘江处置闸，以防江潮并调节运河水量。
浙东运河主线 是中国浙江省境内的一条运河，西起杭州市滨江区西兴街道，跨曹娥江，经过绍兴市，东至宁波市甬江入海口，全长239公里。运河最初开凿的部分为位于绍兴市境内的山阴故水道，始建于春秋时期。西晋时，会稽内史贺循主持开挖西兴运河，此后与曹娥江以东运河形成西起钱塘江，东到东海的完整运河。自西兴至曹娥江的运河又名“萧绍运河”。南宋建都临安，浙东运河成为当时重要的航运河道。浙东运河在历史上的作用可以大致分为航运、灌溉、漕运、水驿四个部分。浙东运河沿线保留了大量相关文化遗迹。其中包含全国重点文物保护单位3处，省级文物保护单位近20处，市县级文物保护单位众多，主要为水利设施，桥梁及其他相关设施。此外，运河沿岸也分布着一些受运河影响的古镇，如西兴古镇等。